Kantor Kementerian Agama Kabupaten Madiun merupakan instansi vertikal Kementerian Agama Republik Indonesia yang memiliki peran strategis dalam membina dan mengelola urusan keagamaan di wilayah Kabupaten Madiun. Keberadaannya tidak lepas dari dinamika sejarah bangsa Indonesia pasca kemerdekaan, khususnya dalam bidang pembinaan kehidupan beragama dan pendidikan keagamaan.
Seiring dengan berdirinya Kementerian Agama RI pada tanggal 3 Januari 1946, pemerintah mulai membentuk struktur organisasi Kementerian Agama di tingkat daerah, termasuk di wilayah Kabupaten Madiun. Pada awalnya, pelayanan keagamaan masih dilaksanakan secara terbatas melalui unit-unit kecil yang berada di bawah koordinasi Pemerintah Daerah dan Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Jawa Timur.
Secara administratif, Kantor Departemen Agama (sebutan sebelum berubah menjadi Kementerian Agama) Kabupaten Madiun mulai beroperasi secara mandiri pada tahun 1950-an, dengan lokasi awal kantor yang menumpang di salah satu bangunan milik pemerintah daerah. Dalam masamasa awal tersebut, pelayanan keagamaan lebih terfokus pada pengelolaan haji, urusan nikah dan rujuk, pembinaan masjid, serta pengawasan pendidikan agama di sekolah-sekolah.
Seiring perjalanan waktu, Kantor Kementerian Agama Kabupaten Madiun mengalami beberapa perubahan struktur, nomenklatur, serta tugas pokok dan fungsi. Pembentukan unit-unit kerja seperti Seksi Pendidikan Madrasah, Seksi Bimbingan Masyarakat Islam, dan Seksi Penyelenggaraan Haji dan Umrah, serta Seksi Pendidikan Agama Islam (PAIS) menjadi bukti berkembangnya kompleksitas tugas Kemenag di daerah.
Pendirian Kantor Urusan Agama (KUA) Kecamatan di seluruh kecamatan di Kabupaten Madiun juga menjadi tonggak penting dalam perluasan pelayanan langsung kepada masyarakat, khususnya dalam pencatatan pernikahan, bimbingan keluarga sakinah, dan penyuluhan agama.
Memasuki era reformasi birokrasi, Kantor Kementerian Agama Kabupaten Madiun terus berbenah diri menuju pelayanan publik yang profesional, akuntabel, dan
berorientasi pada kepuasan masyarakat. Penerapan Zona Integritas (ZI) menuju Wilayah Bebas dari Korupsi (WBK) dan Wilayah Birokrasi Bersih dan Melayani (WBBM) menjadi prioritas utama, disertai penguatan budaya kerja ASN berbasis nilai-nilai BerAKHLAK dan 5 Nilai Budaya Kerja Kemenag (Integritas, Profesionalitas, Inovasi, Tanggung Jawab, dan Keteladanan).
Saat ini, Kantor Kementerian Agama Kabupaten Madiun menjadi ujung tombak dalam pembinaan kehidupan beragama, pelayanan haji dan umrah, peningkatan mutu madrasah, penguatan moderasi beragama, hingga penanganan isu-isu keagamaan strategis di tengah masyarakat. Kantor ini juga aktif menjalin sinergi dengan tokoh agama, organisasi keagamaan, lembaga pendidikan, dan instansi pemerintah daerah untuk mewujudkan masyarakat Kabupaten Madiun yang religius, harmonis, dan berkarakter.
Berdasarkan Peraturan Pemerintah Nomor 52 Tahun 2010, pusat pemerintahan Kabupaten Madiun dipindahkan dari Kota Madiun ke wilayah Kecamatan Mejayan (Caruban) di Jalan Panglima Sudirman No. 5 Mejayan, Caruban, Kec. Mejayan, Kabupaten Madiun, Jawa Timur 63153. Menindaklanjuti PP tersebut, Bupati Madiun mengeluarkan surat himbauan pada 20 Juli 2010 terkait pemindahan instansi vertikal, termasuk Kantor Kementerian Agama Kabupaten Madiun.
Pengadaan tanah pembangunannya mulai mendapatkan alokasi dana APBN sejak tahun 2011, dan pembangunan kantor dilakukan dari tahun 2012 hingga 2014. Gedung baru, yang beralamat di Jl. Panglima Sudirman No. 5, Mejayan – Caruban, diresmikan dan resmi digunakan pada 17 April 2014. Sejak itu, seluruh layanan operasional kantor dipindahkan ke lokasi baru tersebut.
Sebagai perpanjangan tangan pemerintah pusat di bidang keagamaan, Kantor Kementerian Agama Kabupaten Madiun akan terus meningkatkan kualitas pelayanan kepada masyarakat dan menjadi garda terdepan dalam membina kehidupan beragama yang rukun, damai, dan sejuk di Bumi Kampung Pesilat ini.